Bezprostřední reakce a potrestání
Následky
Bezprostředně po bitvě na Bílé hoře se české povstání zhroutilo. Stavovské vojsko bylo rozehnáno, mnozí vojáci se po bitvě uchýlili do Prahy, ale na obranu jejích středověkých hradeb již nebyly prostředky ani vůle. Fridrich Falcký s rodinou a dvořany ve zmatku uprchl, pražská města v následujících dnech po bitvě kapitulovala a byla obsazena vítěznými armádami. Soldateska několik týdnů po nocích plenila domy měšťanů i paláce šlechty, vozy s kořistí posílali z Prahy i vysocí velitelé. Moci se ujal císařský komisař Karel z Lichtenštejna, který nechal měšťany odzbrojit a složit slib poslušnosti císaři. Rekonstruoval také rady pražských měst podle stavu z doby před povstáním. Do Prahy se navrátili vypovězení jezuité, z exilu přijel pražský arcibiskup Jan Lohelius. V předjaří 1621 se pražská města stala dějištěm příprav na velký hrdelní proces.
Zápis o instalaci rady Starého Města pražského během stavovského povstání, 26. 1. 1620, AMP, Sbírka rukopisů, rkp. 69, kniha trhů a obnov rady, 1571–1629, f. 251r−252r.
Zápis o obnově městské rady za vlády Fridricha Falckého byl v době pobělohorské škrtnut a zneplatněn.
Útěk zimního krále
Zpráva o porážce stavovského vojska vyvolala na dvoře Fridricha Falckého paniku. Odpoledne po bitvě se král s rodinou a dvořany ve značném chaosu přesunul za řeku do Starého Města. Zde přenocoval v domě U Tří konví, dnes č. p. 476/I v Melantrichově ulici. Následujícího dne, 9. listopadu, opustil v doprovodu některých stavovských velitelů a politiků Horskou branou Prahu. Na svědky odjezdu panovníkovy rodiny tato emotivně vypjatá chvíle zapůsobila deprimujícím dojmem. Nejvyšší kancléř Václav Vilém z Roupova sice přihlížejícím měšťanům slíbil, že jen vyprovodí panovníka a zase se vrátí, to však neznělo důvěryhodně a svůj slib nedodržel. Na radnici Starého Města zůstala část státního archivu a české korunovační klenoty, které byly předchozí den odvezeny spolu s králem z Hradu. Fridrich Falcký odjel do slezské Vratislavi a odtud na sklonku roku 1620 pokračoval do exilu v Nizozemí.
Staroměstská exekuce
V únoru 1621 bylo pozatýkáno více než šest desítek politiků a úředníků, kteří se významněji podíleli na stavovském povstání a včas neuprchli do exilu. Vězněné vyslýchal zvláštní soudní tribunál, který pak navrhl panovníkovi tresty. Ferdinand II. podepsal 51 ortelů, z toho 28 hrdelních. Dne 21. 6. se na hlavním náměstí Starého Města uskutečnila hromadná poprava. Zemřelo celkem 27 mužů, tři z vyšší a sedm z nižší šlechty a 17 měšťanů královských měst (jeden odsouzený dostal na popravním lešení milost). Podíl městských obětí naprosto neodpovídal malé politické roli, kterou města v povstání sehrála. Smyslem exekuce nebyla jen likvidace poražených nepřátel Ferdinanda II. Hrůzné divadlo mělo i propagační účel. Odstrašovalo všechny, kteří by v habsburské monarchii třeba jen pomysleli na vzpouru. Současně sdělovalo celé Evropě, že Ferdinand II. opět pevně uchopil vládu v českých zemích.
Tresty
Masovou popravou 27 politiků tresty za stavovské povstání zdaleka nekončily. V politické rovině došlo – s použitím teze o kolektivní vině a kolektivním trestu – k utužení panovnické moci a odstranění stavovské opozice, mimo jiné i k úplné likvidací politického vlivu královských měst. Nástrojem k potrestání jednotlivců z řad šlechty a měšťanstva se staly majetkové konfiskace. Po vydání tzv. generálního pardonu v roce 1622 začaly pracovat konfiskační komise, které měly zvážit provinění jednotlivců i institucí a stanovovat výše pokut. Za vinu se považovalo i uposlechnutí rozkazů stavovského direktoria a královských úřadů či pouhé placení daní v době povstání. Pro řadu pražských měšťanů znamenaly konfiskace majetkový úpadek, mezi konfiskáty z let 1622 až 1630 lze například napočítat okolo 400 pražských domů.